Seorang anak sekolah bernama Madoka Kaname dan temannya Sayaka Miki didekati oleh Kyubei dan seorang gadis penyihir bernama Mami Tomoe dengan tawaran menjadi penyihir puella magi. Puella magi lain misterius bernama Homura Akemi mencoba untuk mencegah Madoka dari menyetujui kontrak itu.
