Waktu begitu cepat, Rugal yang dikira sudah tewas bangkit kembali dengan memakai nama [R]. Dia mengundang para ahli beladiri sekali lagi ikut KOF. Kali ini, musuh bebuyutan keluarga Kyo Kusanagi, cucu keluarga Yagami: Iori Yagami juga turut serta. Pertarungan sengit kedua keluarga pun dimulai.
